Действие разворачивается через шесть месяцев после событий первой части. Борги опять пытаются захватить Альфа квадрант. Они создали новый тип кораблей способный ассимилировать целую планету всего за несколько секунд. Предотвратив попытку боргов установить форпост, капитан Жан-Люк Пикар обнаруживает новый тип туманности — тахионный. В этой туманности, Пикар обнаруживает огромный трансварповый портал, способный мгновенно перебрасывать целые флоты из одного квадранта в другой, объясняя как борги смогли добраться в глубину Альфа-квадранта без обнаружения. Командование Звёздного флота приказывает Пикару захватить портал и направиться вместе с внушительным флотом прямо в сердце территорий боргов в Дельта квадранте. Хотя операция оказывается успешной, некоторые корабли, включая «Энтерпрайз-E» застряют в Дельта-квадранте из-за дестабилизации портала.
Тем временем, кардассианцы, воспользовавшись отсутствием основного флота Федерации, начинают своё вторжение. Клингонский канцлер Марток узнаёт что гал Кентар, лидер кардассианской «революции», состоит в тайном союзе с ромуланцами. Кентар разрабатывает «квантовую сингулярность», которая позволит кардассианцами вызвать на помощь вид 8472. Марток ведёт свои войска на попытку остановить Кентара и уничтожить проект. Клингонам удаётся остановить вторжение кардассианцев и нанести серьёзный урон их родному миру. В финальной битве, Марток находит и убивает гала Кентара, уничтожая по-пути проект Квантовой сингулярности.
Королева боргов, заставшая в Альфа квадранте после дестабилизации трансварпового портала, узнаёт что вид 8472 каким-то образом нашёл способ попасть в Альфа квадрант. Хотя она пытается собрать армаду, достаточную для ассимиляции планет, кораблей и технологий чтобы остановить вид 8472, её усилиям противятся силы Федерации. Она понимает что единственный способ победить вид 8472 — вступить в союз с Федерацией. Федерация и борги создают временный союз и направляются в жидкое пространство, в котором проживает вид 8472, и уничтожают генератор разломов, который создаёт дыры в Альфа квадрант.
Федерация и борги возвращаются в свои территории, а клингоны берут управление над кардассианцами.
