В недалеком будущем люди не только смогли покинуть родную планету, но и избавились от своих физических тел. Теперь они путешествуют в космосе в виде мозгов, искусственно поддерживаемых в рабочем состоянии. Банально, но мозгам тоже нужны ресурсы, которые приходится добывать на отдаленных планетах. Cortex Command это комбинация стратегии и аркадного платформера. Необычное сочетание. В начале, игрок строит свою базу или бункер (в котором хранится банка с мозгами) и расставляет вокруг бункера своих солдат, роботов, мины, раскладывает оружие и готовит десант. Противник делает то же самое. Потом начинается бой, цель которого добраться до бункера противника и уичтожить его мозг.
